Aufgabe der Kommission für Zeitgeschichte ist es seit ihrer Gründung 1962, die politische und soziale Geschichte des deutschen Katholizismus im 20. und 21. Jahrhundert mit deren Wurzeln im 19. Jahrhundert zu erforschen. Stand zu Beginn der NS-Kirchenkampf im Vordergrund, richtet sich das Interesse seit Ende der 1980er Jahre auf die Bundesrepublik Deutschland und die ehemalige DDR, wobei auch die transnationalen Zusammenhänge zunehmend in den Blick treten. Diese umfassende Erforschung politischer und sozialer Wirksamkeit des deutschen Katholizismus schließt stets den Erfahrungsraum der Mitlebenden mit ein. Aktuell rücken die 1970er und 1980er Jahre stark in das Zentrum des Forschungsinteresses der Kommissionsmitglieder.

Die Kommission unterhält eine Forschungsstelle in Bonn mit einer umfangreichen Präsenzbibliothek und einem Archiv zur Geschichte des Katholizismus in Deutschland. Sie konzipiert und organisiert teamorientierte Forschungsprojekte, insbesondere solche zur Erschließung unveröffentlichter Quellen zur Geschichte des deutschen Katholizismus. Zu den Kernaufgaben gehört die Edition der Akten deutscher Bischöfe. Die Fortsetzung dieses fast abgeschlossenen Projektes als digitale Edition von Leitquellen wird vorbereitet. Die Kommission kooperiert darüber hinaus auch mit einzelnen Forschern, die an einer Dissertation, Habilitationsschrift oder einem anderen Forschungsvorhaben arbeiten. Thematisch und methodisch greifen die Arbeiten politik- und institutionsgeschichtliche, kirchengeschichtliche sowie gesellschafts- und kulturgeschichtliche Fragestellungen auf. Die Ergebnisse werden in der Reihe „Veröffentlichungen der Kommission für Zeitgeschichte“ („Blaue Reihe“) publiziert: in der Reihe A: Quellen, in der Reihe B: Forschungen und den „Themen der kirchlichen Zeitgeschichte“.

Daneben veröffentlicht die Kommission für Zeitgeschichte Quellensammlungen, Tagungsdokumentationen, thematisch angelegte Sammelbände und übergreifende Gesamtdarstellungen, die sich an einen breiteren Leserkreis wenden, als Einzelpublikationen.

Zeitgeschichtsforschung in der Bundesrepublik Deutschland bedeutete in den 1960er Jahren zunächst Erforschung des Nationalsozialismus und seiner Vorgeschichte. Der Wunsch, den nationalsozialistischen Kirchenkampf vorbildlich zu erforschen, gab auch den Anstoß  zur Gründung der Kommission für Zeitgeschichte. Die Initiative von Historikern (Dieter Albrecht, Rudolf Morsey, Konrad Repgen) und das Interesse von Persönlichkeiten des kirchlichen und öffentlichen Lebens (Prälat Karl Forster, Heinrich Krone, Johannes Schauff) flossen zusammen und führten 1962 zur festen Institutionalisierung einer eigenständigen Einrichtung, deren wissenschaftlichen Vorsitz der Bonner Historiker Konrad Repgen übernahm. 1963 wurde die Geschäfts- und Forschungsstelle zunächst in München eingerichtet. Seit 1972 hat die Kommission für Zeitgeschichte e. V. ihren Sitz in Bonn.